Od strony południowej przylegał do kościoła klasztor zbudowany wokół czworobocznego wirydarza.Wirydarz obiegały przesklepione krzyżowo krużganki, z których prowadziły wejścia do pomieszczeń usytuowanych w określonym porządku. Wyjątek stanowiło skrzydło północne, powstałe już w XV wieku, szersze od pozostałych, przykryte sklepieniem gwieździstym, pełniące rolę komunikacyjną a także wykorzystywana jako sala zebrań.
W południowej części klasztoru usytuowano refektarz letni i nowicjat, który uważany jest za najstarszą część klasztoru z XIII wieku. Od strony wirydarza znajdowało się lawatorium. Skrzydło zostało w znacznej mierze rozebrane w 1867 roku, przed budową kompleksu dla przeniesionego z Chełmna w 1829 roku, Seminarium Duchownego. Z pierwotnych obiektów zachowała się tu kaplica Świętej Barbary; w budynku obecnej czytelni mieścił się pierwotnie kapitularz i sala konwentu a na piętrze dormitoria połączone z wieżą ustępową. Od strony wschodniej dobudowano do nich nowy gmach główny Seminarium.
Najstarszą częścią skrzydła wschodniego jest oratorium cysterskie, wykorzystywane dzisiaj jako kaplica Collegium Marianum pod wezwaniem Podniesienia Krzyża Świętego. Pierwotnie był to budynek wolnostojący, jednonawowy, z wąskim, zamkniętym trójbocznie prezbiterium. Po 1323 roku oratorium przebudowano likwidując trójboczne zamknięcie prezbiterium a także ściany wyznaczające kaplice i empory; założono sklepienie gwieździste; scalono obiekt z nowo powstałym skrzydłem wschodnim, przeznaczono dla ojców, gdzie znalazła miejsce zakrystia, kapitularz, rozmównica i sypialnie mnichów. Zwyczajem cysterskim, w skrzydle zachodnim lokalizowano zaplecze gospodarcze i mieszkania konwersów. Jednak w Pelplinie mieściły się tu kuchnia i refektarz zimowy. Skrzydło to było podpiwniczone, z piwnicą przesklepioną krzyżowo
Uzupełnienie kompleksu cysterskiego stanowiły przepiękne ogrody, młyny nad Wierzycą i zabudowania gospodarcze, a także budynek bramny, usytuowany w północno - zachodnim narożniku dawnego dziedzińca gospodarczego klasztoru. Najstarsza, środkowa część budynku powstała w XV wieku jako wieża bramna i stanowiła główne wejście do klasztoru. Przebudowana w latach 1619-49 w stylu późnorenesansowym i rozbudowana 1847 roku, dziś jest siedzibą Diecezjalnego Centrum Informacji Turystycznej.
Położony na wschodnim brzegu rzeki Wierzycy mały młyn gotycki, założony ok. połowy XIV wieku, kilkakrotnie był przebudowywany; wzdłuż zachodniego brzegu rzeki wzniesiono, pierwotnie barokowy, duży młyn i parterowy spichlerz, nadbudowany w XIX wieku. W 2006 roku zaadaptowano go na potrzeby przybywających tu coraz liczniej turystów i umieszczono w nim Hotel "Nad Wierzycą".