Cystersi przybyli na ziemie polskie (Wielkopolska i Małopolska) z Zachodu na początku lat czterdziestych XII w. Na Pomorzu Wschodnim osiedli najwcześniej w Oliwie (1178-1186 r.) w dolinie na Potokiem Oliwskim, poprzez fundację rodziny książąt wschodniopomorskich oraz mnichów z klasztoru w Kołbaczu (zasilonych zakonnikami z duńskiego klasztoru Esrom), przyjmując wezwanieNajświętszej Marii Panny i św. Bernarda.

Mikołaj Zbrożek, skarbnik księcia Kujawskiego Kazimierza był fundatorem kolejnego opactwa, położonego na wschodzie Pojezierza Krajeńskiego, w Byszewie, do którego pierwsi cystersi (prawdopodobnie z Sulejowa i Lubiąża) przybyć mieli w 1256 r. Opactwo przyjęło wezwanie św. Trójcy. "Szarzy mnisi" po 1288 r. przenieśli się do Koronowa, gdzie osiedlili się na prawym brzegu rzeki Brdy. Klasztor przyjął wezwanie Panny Marii.

Książę tczewski Sambor I zafundował cystersom ziemie nad górnym brzegiem Wierzycy, w pobliżu wczesnośredniowiecznego grodziska w Pogódkach, gdzie mnisi, pochodzący z meklemburskiego Doberanu, pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny, św. Benedykta i św. Bernarda przebywali od 1258 r. W roku 1276, po nadaniach Mściwoja II z 1274, doszło do translokacji z Pogódek do Pelplina. Tu cystersi osiedli w dolinie lewego brzegu dolnej Wierzycy.

W latach 1245-1267 r., dzięki cystersom z Oliwy, doszło do fundacji także linii żeńskiej. W ich posiadłości nad jeziorem w Żarnowcu, zależne organizacyjnie i gospodarczo, mniszki przyjęły wezwanie Matki Bożej i św. Urszuli. Ten jedyny na Pomorzu klasztor obediencji zakonnej przetrwał tylko do 1589 r., bowiem wskutek biedy biskup włocławski Hieronim Rozrażewski odebrał władzę nad nim oliwskim cystersom a konwent przekazał benedyktynkom kongregacji chełmińskiej.